Здравствуйте, сейчас повсеместно используется аякс для большей интерактивности сайтов, сам аякс очень крут, но для реализации тех-же уведомлений до сих пор бОльшинство используют запросы по timeout-у, в то время, когда есть много фич, для того, чтобы они происходили только в момент исполнения "события", в большинстве реализации для этого используется node.js и модуль socket.io, так-как хорошая документация, прост и удобен.
Есть только несколько вещей из коробки, которые будут мешать отличной работе данного решения:
- браузер ограничивает кол-во одновременных соединений к домену;
- использование по 1 соединению на вкладки;
- связь php и node.js (тут проблема условная и есть много вариантов решения);

Сразу оговорюсь, что людям, которые используют шаред хостинги, делать нечего, кроме как покупать vps.

Чтобы использовать 1 соединение на сайт, есть несколько способов решения проблемы:
1. WebWorkers
2. localStorage
3. Кукисы

Воркеры самый идеальный вариант, но не сейчас, слишком сыро и слабая поддержка браузерами, тогда как вариант с локалсторейджем и кукисами, на данный момент самый оптимальный, но мы пришли к этому не первыми, поэтому проще всего использовать готовые библиотеки, я пробовал писать и своё, но в итоге нашёл всё, что мне нужно в одной, которая удовлетворила все мои нужды: https://github.com/RubaXa/wormhole
Реализация с её использованием проста:

var hole = new wormhole.Universal(crossDomain);
hole.on('master', function () {
// Если вкладка стала master создаем соединение с сокетом
var adapter = io.connect(socketUrl + ':' + socketPort);
adapter.on('connect', function() {
    adapter.emit('join', {
        id: userId
    });
});
// Подписываемся на события от сервера
adapter.on('message', function (data) {
    // Рассылаем данные между табами
    hole.emit('message', data);
});
});

// Слушаем события из мастера
hole.on('message', function (data) {
switch(data.action) {
    case 'message':
        switch(data.event) {
            case 'new':
                messageNewNotify();
                playSound("/audio/notify.ogg");
                break;
            case 'read':
                messageDeleteNotify();
                break;
            case 'notify':
                playSound("/audio/notify.ogg");
                break;
        }
        break;
}
});

Собственно пример с живого сайта:

var hole = new wormhole.Universal(crossDomain);

это для CORS (так как для каждого подпроекта свой субдомен и нужна взаимосвязь между ними)

Для связи nodejs и php я выбрал redis, так-как в проекте он уже использовался для сессий и кеширования данных доктрины, к примеру мы отправляем личное сообщение и сразу отправляем в канал redis-a уведомление об этом:
(сразу оговорюсь, я использую в проекте symfony и соответствующий бандл для работы с редисом, но в целом, при интеграции в вб, код будет незначительно другим, в зависимости от того, какую обёртку возьмёте или реализуете для клиента)

PHP Code:

$redis = $this->get('snc_redis.default');
$redis->publish('actions', json_encode(array(
    'clientId'  => $recipient->getHashUserId(), // кому сообщение
    'data'      => array(
        'action' => 'message', // действие, в данном случае личное сообщение
        'event'  => 'read' // событие - пометить как прочитанное
    )
))); 


Далее на стороне node приложения мы его принимаем и обрабатываем:

// Слушаем Redis
redisClient.on("message", function(channel, message) {

    var response = JSON.parse(message);

    response.clientId = cleanHash(response.clientId);

    try {
        switch (response.clientId) {
            case ('broadcast'):
                // Отправка сообщения всем пользователям
                io.send(response.data);
                console.log('Send global data: "' + response.data.action + '"');
                break;
            default:
                // Отправка личного сообщения
                clients[response.clientId].forEach(function(client) {
                    client.send(response.data);
                    console.log('Send data: "' + response.data.action + '" to ' + response.clientId);
                });
                break;
        }
    }
    catch (error) {
        console.log(error)
    }
});

Всё изложено сумбурно и скорее для общего ознакомления, но готов ответить на вопросы.

как яваскрипт узнает, когда нужно показать уведомление узеру если не отправлять перед этим запрос на сервер?

kerk, для этого и нужна связь между между php и ws-сервером, в моём случае node.js, я использую redis, но можно пойти другим путём и слушать сам php-сокет (в php-fpm такое доступно), следовательно, в скрипте происходит действие, к примеру упоминание пользователя в теме, мы заодно и шлём в redis:

PHP Code:

$redis->publish('actions', json_encode(array( 
    'clientId'  => $userid, // кого упомянули
    'data'      => array( 
        'action' => 'notify', // действие, в данном случае личное сообщение 
        'post'  => array('id' = $postid) // отправляем сразу всё, что нам нужно, можно даже сразу целиком отправить все данные о сообщении, следовательно экономим по запросу
    ) 
))); 


и потом уже на клиентской стороне в js пишем что-то на подобие:

socket.on('message', function (data) {
switch(data.action) {
    case 'message':
        switch(data.event) {
            case 'notify':
                someFunction();
                break;
        }
        break;
}

Можно сделать довольно годную живую ленту, которая будет работать приятно и не хоронить mysql при большом онлайне.