Здравствуйте.
Скажите если создать таблицу в базе вручную это не имеет значение для вбулетина? или надо делать таблицы как-то посредством самого форума?

База данных это одно, форум (как веб приложение) это другое. Ты лучше скажи что именно ты хочешь сделать, какой результат получить. Создать таблицу можно как угодно.

ну я пытаюсь написать что-то типа мода, ну копался в другом и нашел там некие строчки которые навели меня на мысль что надо созданные таблицы в базе где-то в скрипты в форуме вписывать, или же создавать через форум

Когда создают "продукт", обычно вписывают в поле инсталляции код создания таблиц. Посмотри на примерах других хаков, там все просто.