Захотелось обновить 3.0.7 до 3.0.9 . На 3.0.7 у меня было установлено несколько хаков, я так понимаю что при обновлении их сохранить не получится , ведь надо все файлы заменять... что делать и как сохранить все хаки . Переустанавливать не хочется.

Извините если этот вопрос уже где-то обсуждался :( .

Да чего там обновлять-то? Внимательно читаешь список изменений от 3.0.7 до 3.0.8 и от 3.0.8 до 3.0.9. Потом делаешь нужные SQL-запросы и правишь нужные темплейты. Потом берешь сравнивалку файлов, типа FilesCompare, и по списку смотришь, что где поменялось. Остальные файлы можно не трогать - там только номер версии изменен в шапке и хвосте.