Подскажите что мне сделать.
В индексе яндекса некоторая часть страниц выдается в нежелательном виде.
В индекс они попали в древовидном виде, а по умолчанию у меня стоит линейный вид.
Прописать что ли запрет на индексацию такого вида страниц? Или оставить ка есть?

Да проблема есть она проявляется только на сайтах с включенной опцией древовидных комментариев. Проблема достаточно серьезная, т.к. приводит к значительному падению страницы в рейтинге поисковика, а также дополнительной нагрузке на веб-сервер.

Варианты решений:

1)Запрещаем индексацию страниц с параметром ?replytocom в файле robots.txt:

1
User-agent: *
2
Disallow: */?replytocom

Для большинства поисковиков этого достаточно, но что удивительно, этого не достаточно для Google. С ним придется повозиться дополнительно.

2)Вам понадобится доступ к Google Webmaster tools (Инструменты для веб-мастеров). Если по какой-то причине вы еще не добавили туда свой сайт — обязательно сделайте это. Выбираем сайт, переходим в раздел Конфигурация сайта -> Параметры URL. Здесь вы увидите таблицу найденных параметров. Находим в ней replytocom, и переходим по ссылке Изменить. На вопрос «Изменяет ли этот параметр содержание страницы, которое видит пользователь?» отвечаем «Нет, параметр не влияет на содержание страницы»:



Со временем, рейтинг вашей страницу должен улучшиться. Также обратите внимание на другие параметры в списке, скорее всего они тоже не влияют на содержание.

Должно помочь!